一科：
1.配合水利法相關法規之訂定及修正，適時提供相關法律意見協助。
2.配合法規之訂修，適時檢討重新編印水利法規彙編。
3.積極辦理法規研習，期使同仁充分了解各種法令，落實依法行政， 提昇行政效率。
二科：
1.健全水權管理制度。
2.加強鑿井業管理。
3.加強督導違法水井處置。
三科：
1.加強研討訂定排水及海堤區域各項使用行為管理策略，使該等管理工作能更臻合理完善。
2.積極督導排水及海堤區域管理工作，期能減少或避免中央管河川排水及海堤區域之不當使用。
3.河川環境管理計畫推動。
四科：
1.督導各河川局依作業規範辦理各項河川疏濬業務。
2.滾動檢討疏濬相關作業規範及防治盜濫採河川砂石措施，使管理工作更臻合理完善。