依據經濟部水利署組織法第二條規定，本署掌理下列事項：
一、水利、自來水、溫泉管理之政策、法規研擬及執行。
二、水利、自來水、溫泉管理計畫之擬定及推動。
三、水利、自來水、溫泉管理事業之管理及其他行政管理。
四、水利、自來水、溫泉管理之科技發展、水文調查、試驗研究、國際合作及資訊管理。
五、水權管理、用水計畫審議與海淡水、再生水等多元水資源利用之技術研發及推動。
六、水資源調查規劃、開發利用、各標的用水調度；水庫安全維護與其蓄水範圍之保育、利用及管理。
七、水旱災之防護及應變。
八、水利產業發展及其他涉業務相關團體之指導。
九、水利工程技術、品質管理、檢（試）驗制度及其他工務管理。
十、其他有關水利事項。