| 第一河川分署 | 宜蘭市
河川：蘭陽及和平溪
海岸：宜蘭縣、部分新北市、馬祖
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| 第二河川分署 | 新竹市
河川：鳳山、頭前、中港及後龍溪
海岸：桃園市、新竹縣市、部分苗栗縣
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| 第三河川分署 | 臺中市
河川：大安、大甲及烏溪
海岸：部分苗栗縣、臺中市
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| 第四河川分署 | 彰化縣
河川：濁水溪
海岸：彰化縣
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| 第五河川分署 | 嘉義市
河川：北港、朴子、八掌及急水溪
海岸：雲林縣、嘉義縣、部分臺南市
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| 第六河川分署 | 高雄市
河川：曾文、鹽水、二仁及阿公店溪
海岸：部分臺南市、高雄市
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| 第七河川分署 | 屏東市
河川：高屏、東港及四重溪
海岸：屏東縣、澎湖縣
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| 第八河川分署 | 臺東市
河川：卑南溪
海岸：臺東縣、金門縣、連江縣
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| 第九河川分署 | 花蓮縣
河川：秀姑巒、花蓮溪
海岸：花蓮縣
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| 第十河川分署 | 新北市
河川：淡水河系、磺溪
海岸：部分新北市、基隆市
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| 北區水資源分署 | 桃園市
轄區：新竹縣以北至宜蘭縣、東部花蓮縣
轄區重要水庫、壩堰：石門、新山、寶山、寶山第二及大埔水庫、隆恩堰
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| 中區水資源分署 | 臺中市
轄區：苗栗縣以南至雲林縣以北
轄區重要水庫、壩堰：永和山、明德、谷關、德基、鯉魚潭、霧社、日月潭、明湖及明潭水庫、石岡壩、集集攔河堰
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| 南區水資源分署 | 臺南市、高雄市(曾文辦公區、燕巢辦公區)
轄區：嘉義縣以南至屏東縣、東部臺東縣及澎湖縣
轄區重要水庫、壩堰：仁義潭、蘭潭、白河、尖山埤、南化、烏山頭、曾文、牡丹、阿公店及鳳山水庫、高屏溪攔河堰、甲仙堰
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| 臺北水源特定區管理分署 | 新北市
轄區：新店溪青潭水源、水質、水量保護區
轄區重要水庫、壩堰：翡翠水庫
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| 水利規劃分署 | 臺中市
轄區：水利工程計畫之調查、規劃、試驗、研究及分析
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