組織編制：
組長室：組長1人，副組長1人，簡任正工程司1人。
一科：編制5人，分別為科長1人，視察1人，秘書1人，專員1 人，科員1人。
二科：編制7人，分別為科長1人，視察1人，副工程司 2人，科員2人、辦事員1人。
三科：編制8人，分別為科長1人，正工程司2人，副工程司2人，助理工程司3人。
四科：編制7人，分別為科長1人，正工程司2人，副工程司2人，助理工程司2人。
執掌：
組長：蘇柄源（聯絡電話：04-22501315）
副組長：曾瓊玉（聯絡電話：04-22501333）
簡任正工程司：張昆茂（聯絡電話：04-22501322）
第一科：科長吳玲燕（聯絡電話：04-22501318）
行政法規之審訂與發布、法規適用諮詢與彙辦、行政救濟案件之會辦及國家賠償案件之彙辦。
第二科：科長陳照傑（聯絡電話：04-22501321）
鑿井業管理制度推動、納管水井督導、地下水保育管理暨地層下陷防治工作之協調分工推動及執行、地下水管制區劃定及公告。
第三科：科長張順竹（聯絡電話：04-22501328）
中央管河川、排水及海堤之管理。
第四科：科長鄭詠祥（聯絡電話：04-22501338）
中央管河川及排水之砂石管理。