民國86年5月13日整合水利局及建設廳第六科成立台灣省政府水利處，職員編制員額1,505人，87年1月23日配合台灣省政府第二階段整合，精簡45人，88年7月1日改隸經濟部後，再精簡5人，88年11月16日於現有員額內成立第十河川局，90年10月26日配合修編，暫行員額精簡13人、合理員額精簡42人，91年3月28日整併水資源局、水利處、臺北水源特定區管理委員會等水利機關，成立水利署，預算員額再行精簡53人，98年7月22日行政院同意98年度核增本署及所屬機關職員預算員額102人（98年度50人、99年度52人），112年12月25日行政院同意核增本署各區水資源分署職員預算員額18人。本署112年職員預算員額399人，附屬機關職員預算員額1,227人（含公務及基金），合計1,626人。