為推動水利工程節能減碳的目標，本署參考國際減碳作法、相關指標及國內政策方向，針對每年推動大量水利工程無法逐案進行碳排查的現況，首創「碳預算管理」方法。透過系統性的減碳策略和管控，從工程預算編列的起點便導入減碳思維，並採用總量管制方式。在工程生命週期的各個階段，從規劃、設計到施工和營運，逐步制定相應的策略來減少碳排放，並依此編撰《水利工程減碳作業參考指引》規劃設計篇、施工篇及營管篇，作為水利署減碳方針的依據。該方法和機制經過第三方公正單位-英國國家標準協會（BSI）於2022年8月至9月進行的ISO14067規範查核，確認其減碳機制具有可行性並能具體執行。此外，為了確保本署在水利工程全生命週期內的碳排放管理具備完整性，並驗證工程實際執行過程中碳管理流程的落實程度，本署根據PAS2080系統架構，在2023年11月完成了《經濟部水利署PAS2080碳管理手冊》的編撰，作為高階文件，詳細說明本署如何在水利工程的生命週期中執行碳管理，並將碳管理納入決策過程。同時，本署也制定了《經濟部水利署PAS2080碳管理程序書》作為二階文件，為署內所有同仁提供在水利工程生命週期中進行碳管理的具體執行流程。這些文件與流程更進一步獲得了PAS2080:2023版《建築與基礎設施碳管理標準》的第三方驗證，確認本署的碳管理作業符合國際標準，為國內水利工程的永續發展奠定了堅實基礎。
最後，此一創新的「碳預算管理」方法不僅提升了工程減碳的效率，亦透過科學數據與標準化流程，將減碳管理融入水利工程之運作。這不僅符合國際減碳趨勢，亦呼應政府推動綠色經濟與永續發展的政策方向。期盼透過持續完善碳管理制度及推動公共工程系統性減碳之作法，可逐步帶動水利工程整個產業鏈之資產業主、設計師、工程顧問、產品及材料供應商等共同實現淨零碳排之目標，以接軌國際減碳趨勢及提升營建市場競爭力。