水利署所屬機關位置分布說明如下：
一、署本部臺北辦公區位於台北市(台北辦公區)、新北市(新店辦公區)，署本部臺中辦公區位於臺中市。
二、北區水資源分署位於桃園市，中區水資源分署位於臺中市，南區水資源分署位於臺南市(曾文辦公區)、高雄市(燕巢辦公區)。
三、第一河川分署位於宜蘭市，第二河川分署位於新竹市，第三河川分署位於臺中市，第四河川分署位於彰化縣，第五河川分署位於嘉義市，第六河川分署位於高雄市，第七河川分署位於屏東市，第八河川分署位於臺東市，第九河川分署位於花蓮縣，第十河川分署位於新北市，水利規劃分署位於臺中市，臺北水源特定區管理分署位於新北市。