一科：
1.水利法規及行政規則訂定或修正之會辦及發布事宜暨其適用之解釋。
2.水利有關法規及法令之彙整編印。
3.訴願、行政訴訟案件之會辦暨受理國家賠償事件之彙辦。
4.水利有關法令及解釋之研習。
二科：
1.水權申請案件之審核、查勘報告之核定。
2.水權申請、取得、變更及消滅案件之公告。
3.水權異議、糾紛案件及違法用水之處理。
4.鑿井業管理。
5.違法水井處置計畫。
三科：
1.中央管河川、排水及海堤區域各項使用行為管理策略之擬定。
2.中央管河川、排水及海堤區域管理工作計畫之擬定。
3.中央管河川、排水及海堤區域違章案件取締之督導及違反水利法之訴願案件處理。
4.中央管河川揚塵防制工作。
四科：
1.中央管河川疏濬業務。
2.防治中央管河川盜濫採砂石。
3.河川駐衛警察巡防管理業務。
4.中央管河川區域土石相關人民陳情案件及訴願案件之處理。