一科：
1.水利法規及行政規則訂定或修正、解釋之會辦及發布事宜。
2.水利有關法規及法令之彙整編印。
3.訴願、行政訴訟案件之會辦暨受理國家賠償事件之彙辦。
4.水利有關法令及解釋之研習。
二科：
鑿井業管理制度推動。
督導地方政府辦理納管水井相關業務。
地下水保育管理暨地層下陷防治工作之協調分工推動及執行。
地下水管制區劃定及公告。
三科：
1.中央管河川、排水及海堤區域各項使用行為管理策略之擬定。
2.中央管河川、排水及海堤區域管理工作計畫之擬定。
3.中央管河川、排水及海堤區域違章案件取締之督導及違反水利法之訴願案件處理。
4.中央管河川揚塵防制工作。
四科：
1.中央管河川疏濬業務。
2.防治中央管河川盜濫採砂石。
3.河川駐衛警察巡防管理業務。
4.中央管河川區域土石相關人民陳情案件及訴願案件之處理。