一、水庫集水區治理保育相關業務
1、建立庫集水區地理資訊系統
2、辦理水庫整體保育計畫規範編擬
3、辦理水庫集水區治理及土砂整治成效評估
4、推動「水庫集水區緊急治理工程」計畫
5、水庫集水區保育治理計畫工作聯繫協調
二、水源涵養與環境生態保護
1、水庫水質與水量整合管理方案研擬推動
2、水源涵養模式之建立水庫集水區水質調查及改善策略之研擬
3、德基水庫集水區水質監測與管理
三、集水區親水及生態工法
1、擬訂「生態工法技術參考手冊」
2、彙編「生態工法案例圖鑑」
3、辦理生態工法技術講習與教育推廣工作
四、節約用水推動工作
1、辦理省水器材檢測及省水標章認証
2、推廣省水器材及雨水貯留利用
3、辦理節約用水輔導及技術諮詢服務
4、節水資訊網建置與維護
五、自來水承裝業管理及法令研修
1、自來水管承裝商管理系統維護
2、自來水管承裝商相關法令解釋與研修
3、自來水管承裝技工之考驗與發（補、換）証
六、溫泉事業管理
1、推動溫泉政策之規劃
2、溫泉事業發展基金管理
3、溫泉資源基本資料建置與管理
4、溫泉技術研究發展
5、溫泉法與子法教育與宣導
3、主管溫泉事業
七、自來水相關業務
1.自來水水質水量保護區劃設、變更、回饋與補償
2.水庫集水區及淹沒區土地徵收案
3.自來水法及相關法規檢討修正
4.推動水價合理調整及離島自來水差價補貼