本署為提升工程行政透明，強化良善治理，107年即頒訂「水利署暨所屬機關工程行政透明措施實施計畫」，並建置「水利工程計畫透明網」，就重大或受社會關注之工程採購案，規劃推動案件發包前、中、後之工程採購作業透明、資訊公開，輔以施工中工程履約諮詢，並依工程採購編列預算、擬定招標文件、招標決標作業及履約管理等歷程推動行政透明措施，所屬機關成立「行政透明推動小組」定期召開會議，研討行政透明推動狀況。同時，為獎勵推動工程行政透明績優機關及有功人員，本署並頒訂「工程行政透明績優獎評選及獎勵作業要點」，由所屬機關推薦工程，本署依據參獎工程發包前、中、後之工程採購作業各階段行政透明與資訊公開程度，由內聘及外聘委員評選出特優及優良工程。