計畫緣起
臺灣河川生態調查始於民國91年，由水利署與水利規劃試驗所（即現今之水利規劃分署）參考日本制度，建立「河川情勢調查作業之技術規範」並啟動卑南溪、花蓮溪及蘭陽溪等三條河川調查。「河川情勢調查作業要點（草案）」，於96至97年完成修訂，確立為我國辦理河川生態與環境現況調查之主要技術依據，並作為第一輪情勢調查作業參考。
第一輪情勢調查作業於103年完成，涵蓋全國共26條河川（含24條中央管河川及2條跨直轄市管河川）。其後，於104年正式公布「河川情勢調查作業要點」，作為推動後續河川生態調查之重要依循。104年起持續推動第二輪河川情勢調查作業，統計兩輪河川情勢調查累積近22萬筆生態調查資料，為我國河川生態調查累積豐富基礎資料。
水利署陳報行政院核定之「中央管流域整體改善與調適計畫(110~115年)」，工作項目包括持續推動生態調查工作，水利署並訂定計畫執行作業要點，律定生態固定樣站調查，每三年辦理一次，並產製生態敏感情報地圖。而為了讓河川生態調查成果，更有利於研判河川生態變化趨勢、分析同一時間點各河川間生態情況、讓生態調查資料可以回饋工程生態檢核應用，由水利規劃分署與農業部生物多樣性研究所透過行政協助方式，辦理「河川情勢調查及保育措施精進計畫」；經過該所協助完成了「中央管流域整體改善與調適計畫」生態調查操作指引，水利署並於111年6月15日辦理函頒，讓各河川分署及水利規劃分署辦理生態調查時有所依循，而水利規劃分署則依據該指引辦理「生態固定樣站調查」，透過設置250個固定樣站、固定方法及一致的努力量以定期調查方式取得生態資料，了解水域生態變化趨勢及生態重點水域。
計畫目的
依據水利署 110年7月16日函頒「經濟部水利署辦理中央管流域整體改善與調適計畫執行作業要點」，將調查類型分為生態固定樣站調查、生態專案調查兩類，生態固定樣站調查由水利規劃分署每 3 年辦理 一次。本計畫參酌111年6月15日水利署函頒「中央管流域整體改善與調適計畫」生態調查操作指引，據以辦理生態固定樣站調查規劃，主要調查河川水域之魚類、蝦蟹類及水生昆蟲等三大類群物種數量、體長、生活史及繁殖狀態等相關資料為目標，進行北、中、東、南區共250個固定樣站之河川水域生態基礎資料蒐集及現地調查，以掌握水域生物之變化趨勢及生態情報資訊。
主要工作內容
生物調查方法依「中央管流域整體改善與調適計畫」生態調查操作指引及參考第1輪調查方法辦理，包含電氣法、蝦籠法、定面積採集法及依棲地特性另進行一種因地制宜法，每水系每站次需完成豐水期、枯水期各2次共4次調查。環境調查進行水質、棲地類型、環境底質、人為干擾（例如：河道整理或疏濬、施工、取水、水庫排砂、汙水排入）及異常情形（例如：乾旱、暴雨）等資料記錄。
調查資料完成後，依格式建置「地區名錄」、「分布紀錄」及「調查活動」等表單，並上傳至「海岸調查資料暨情勢調查資料上傳入口平臺」。生態資料成果分析包含物種組成及數量統計、生物多樣性指數統計、魚類及蝦蟹類分布流路圖、集群分析、指數類型分析、豐枯水期情勢評估比較、綜合分析，並探討與棲地之關聯性，與第1輪資料比較及關注議題或關注物種建議等，另分析入侵水域物種現況，並區分原生入侵與外來種入侵，相關分布圖製成可供GIS使用的向量檔。
計畫範圍：中央管流域生態固定樣站(北中東南區)250固定樣站位置如圖1。
計畫預期效益
- 完成北、中、東、南區以各樣站4 季次各4 種調查方法，共250個固定樣站現地水域魚類、蝦蟹類及水生昆蟲等三類群調查工作。
- 完成北、中、東、南區生態調查資料建置、檢核及上傳至水利署「海岸調查資料暨情勢調查資料上傳入口平臺」專案計畫歸檔。
- 完成北、中、東、南區生態調查資料分析評估，據以瞭解河川生物變化趨勢與評估河川環境變動狀況。
計畫初步成果
- 資料公開：提升資料應用效益，促進跨域整合與國際接軌第一輪調查共記錄了大約4.6萬筆生態資料，包含魚類、蝦蟹類和水生昆蟲等三大類群的生態調查資料。生態調查成果除了上傳至政府資料開放平台外，還透過臺灣生物多樣性資訊機構（TaiBIF）的整合發佈工具（Integrated Publishing Toolkit, IPT），將第一輪生態固定樣站調查約4.6萬筆資料，上傳至全球生物多樣性資訊機構（Global Biodiversity Information Facility, GBIF，網址：https://www.gbif.org/dataset/search?publishing_org=b6b89e2d-e881-41f3-bc57-213815cb9742）。
- 發現世界新種魚類，促進河川魚類多樣性研究
- 花蓮溪發現臺灣特有之世界新種鰕虎魚類:執行第一輪生態固定樣站調查的海洋大學團隊，於魚類生態調查期間，在花蓮溪流域下游感潮區域，發現極為特化的鰻形鰕虎魚類-竿鯊的棲息。經全世界物種比對後，確認為臺灣特有的世界新魚類，並由海洋大學團隊於2024年12月在國際學術期刊Zootaxa正式發表為臺灣特有的世界新種-花東竿鯊(如圖2)。
- 確認寬頭叉舌鰕虎現蹤臺灣改寫西太平洋魚類分布紀錄:海洋大學團隊在執行第一輪生態固定樣站調查之過程中，發現於臺灣長年被鑑定為「正叉舌鰕虎（Glossogobius giuris）」的物種族群，其實為「寬頭叉舌鰕虎（Glossogobius laticeps）」。研究團隊透過形態分類與分子親緣分析確認了其分類地位，不僅新增臺灣魚類紀錄，也成為該物種在西北太平洋海域的首次正式紀錄，研究成果目前已發表於國際分類學期刊《Zootaxa》。此次確認寬頭叉舌鰕虎為臺灣新紀錄種，不僅展現長期調查工作的價值，也為未來河川治理、生態復育及生物多樣性保育提供更完整的科學依據。