中央管河川治理計畫（含修正）之制定及公告程序如下：
- 規劃單位（水利署各附屬機關）辦理河川治理規劃或規劃檢討，應召開地方說明會，瞭解地方問題與需求。完成治理規劃或規劃檢討報告（初稿）後，再次召開地方說明會向地方說明改善方案，經期末報告審查通過後，函報本署召開會議審查，水利署召開審查會議時得邀請「河川治理計畫審議小組」（以下簡稱審議小組）委員或專家學者及相關單位協助審查，必要時得辦理現勘。
- 規劃單位依水利署審查意見修正規劃或規劃檢討報告並報水利署備查後，據以編訂治理計畫（初稿）及繪製水道治理計畫線或用地範圍線圖（初稿）（治理計畫內容及附件應依本署規定格式內容辦理）送由轄管河川分署據以召開地方說明會，規劃單位協助為必要之說明。
- 規劃單位於地方說明會後參酌民眾意見為必要之說明或修正治理計畫，將水道治理計畫線或用地範圍線圖，並附治理計畫（並應含自行檢核表、劃定說明、歷次會議紀錄、地方說明會紀錄及其意見處理情形表），函報水利署提請審議小組審議，提送審議之治理計畫如與原規劃（或規劃檢討）有差異時，應檢附差異說明，審議時得邀請規劃單位及轄管河川分署列席說明，必要時得辦理現勘。
- 規劃單位應於審議小組審議治理計畫通過後，依審議小組審議意見修正治理計畫、水道治理計畫線或用地範圍線圖，陳報水利署代辦部函核定之，並公告水道治理計畫線或用地範圍線圖。
圖1 中央管河川治理規劃及治理計畫流程圖