本計畫依據八掌溪流域人文、地文、水文特性，提出八掌溪流域總願景「八掌溪流韌性長，人水和諧護嘉南」，其說明八掌溪兩岸河防構造物應以疏濬方式增加通洪斷面，以確保居民免受洪水威脅，並通過水質改善與棲地營造增加八掌溪的生物多樣性，創造一個安全的居住環境及和諧共存的自然環境。
本案依以往水利、土地、生態、產業、文化、景觀、水質等政策計畫成果，結合八掌溪流域之水環境相關問題，分水道風險、土地洪氾風險、藍綠網絡保育及水岸縫合等四大主軸，將需持續推動、需互相配合、需再協商評估者列入課題，共研提13項課題，以下說明各項課題：
1.水道風險課題
在蒐集彙整流域內水文、地文、治理情形、歷史洪災資料等資料後，重要課題訂定如下：弱面河段改善(A1)、河道土砂淤積(A2)、上游軟岩沖蝕(A3)、跨河構造物改善(A4)等四大課題，水道風險面向之願景與目標訂為強化河道管理，達成防洪安全。
2.土地洪氾風險課題
在蒐集彙整國土計畫資料、土地利用情形、淹水災害潛勢及相關計畫等資料，重要課題訂定如下：氣候變遷風險韌性調適(B1)、民眾防減災學習及調適(B2)、海岸災害風險因應(B3)等三大課題，土地洪氾風險面向之願景與目標訂為提升承洪韌性，降低洪災損失。
3.藍綠網絡保育課題
在蒐集彙整過往生態情勢調查資料、國土生態保育綠色網絡等相關資料，重要課題訂定如下：藍帶與綠帶之連結(C1)、外來種入侵處理(C2)、水岸生態廊道改善(C3)等三大課題，藍綠網絡保育面向之願景與目標訂為守護棲地環境，保育自然生態。
4.水岸縫合課題
在蒐集彙整人文、歷史、自然環境、過往環境營造等相關計畫資料後，重要課題訂定如下：結合水岸特色之縫合 (D1)、水資源利用 (D2)、高污染源水質改善(D3)等三大課題，水岸縫合面向之願景與目標訂為串聯水岸廊道，活絡地方創生。
八掌溪流域的大尺度規劃課題與願景目標，針對近年相關計畫報告與綜合分析八掌溪流域之概況進行課題彙整，以涵蓋水道風險、土地洪氾風險、藍綠網絡保育及水岸縫合等四大面向，以兼顧水安全、水環境、水文化等擬定四大願景目標，分別訂為本計畫並針對四大主軸課題之分項願景如下:
水道風險 :「強化河道管理，達成防洪安全」
土地洪氾風險 :「提升承洪韌性，降低洪災損失」
藍綠網絡保育 :「守護棲地環境，保育自然生態」
水岸縫合 :「串聯水岸廊道，活絡地方創生」