1、申請水利法第七十八條之一第一款、第二款、第五款、第七款及第三款之堆置土石使用行為者，應檢附下列書件(一式3份)：
一、申請書
二、申請土地位置及其周圍一百公尺範圍內地形實測圖，其比例尺應與河川圖籍比例尺相同。(應以紙圖或數位資料提供，測繪人應簽名蓋章，載明身分證統一號碼及詳細戶籍住址)
三、計畫書及設計圖表等。(設計圖表依個案需求)
四、申請人身分或公司行號證明文件。但政府機關、公有公用事業機構及公法人不在此限(政府機關、公有公用事業機構及公法人加附切結書)。
五、申請使用範圍部分為政府機關、公有公用事業機構或公法人已取得許可使用之土地者，應附許可使用人之同意書及共同維護管理文件。
六、申請使用之土地為公有者，應檢附土地管理機關同意證明；屬其他私人所有者，應檢附土地所有人使用同意書。
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2、申請一般使用案件流程圖：
一、 由申請人檢具河川管理辦法第46條或50條規定書件向水利署所屬河川分署申請河川公地使用許可或補正。
二、 水利署所屬河川分署審查申請書件是否違反水利法第78條與相關法令規定，若申請書不完備或不清晰通知限期補正，或逾期不補正、補正不完備、不符規定或申請人未參加會勘，將駁回申請書。
三、 經驗證合格後，將現場勘查及檢測，若申請人未到場或不符合規定者，將駁回申請。
四、核符後水利署所屬河川分署核發許可書並列管。
五、 申請人於規定期限繳交使用費後依規定開始施設並向水利署所屬河川分署報備開工。