| 負責科室 | 職掌業務 | 
		
			| 規劃科 | 
				中長程及年度業務計畫之彙整。河川治理、區域排水改善與禦潮工程之調查規劃及治理計畫之擬訂與檢討。水道治理計畫線與用地範圍線之劃定及調整變更。各項水文與地下水觀測站之維護、管理、資料蒐集、統計分析及成果報告編撰。防汛與洪水預報資料之蒐集、統計及陳轉。其他有關規劃事項。 | 
		
			| 工務科 | 
				年度工程計畫之擬訂、提報及執行。各項防汛、搶險、搶修與復建工程之擬訂、提報及執行。工程契約書及工程經費預算之處理。水利工程技術之研究。工程之施工、監造、驗收及移交。工程變更設計、申請工程延期之擬議及陳報。工程進度之控管與工程品質之研究、試驗及控制。施工期間水災防治、職業安全衛生及施工環境保護之審議及處理。防汛材料之製作及管理。其他有關工務事項。 | 
		
			| 管理科 | 
				河川區域、海堤與區域排水設施範圍使用申請案之受理、審核、許可、廢止及撤銷。河川區域、海堤、區域排水設施範圍之巡防與違法案件之查報、取締及處分。河川、區域排水疏濬工程計畫之擬訂、提報及執行。河川、海堤與區域排水空間之利用及維護管理。河川區域、海堤區域與區域排水設施範圍之管理、勘測、劃定及調整變更。河川、海堤與區域排水水門之維護操作及管理。抽水機組之運轉、調度及支援。愛護河川、排水、海岸及防汛之宣導。其他有關河川、海堤及區域排水管理事項。 | 
		
			| 資產科 | 
				公有土地撥用計畫之擬訂及執行。水利用地地籍清查、管理及河川浮覆地之處理。河川私有地之處理及重劃業務之配合執行。水利工程用地調查、徵收、價購等計畫之擬訂及執行。都市及非都市土地使用計畫之變更。資訊系統、資訊安全與資訊設備之規劃、建置、管理及維護。其他有關資產事項。 | 
		
			| 秘書室 | 
				印信典守及文書管考、檔案之管理。議事、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。媒體公關、水利宣導事務之規劃、研擬及執行。工友(含技工、駕駛)及車輛之管理。不屬其他各科、室、中心事項。 | 
		
			| 人事室 | 掌理分署人事事項。 | 
		
			| 政風室 | 掌理分署政風事項。 | 
		
			| 主計室 | 掌理分署歲計、會計、統計事項。 |