民國98年莫拉克颱風之後，行政院通過「曾文南化烏山頭水庫治理及穩定南部地區供水特別條例」，期儘速改善南部地區主要水庫設施損壞、巨量淤積的情形，讓水庫回春、穩定供水。
計畫推動期間，本分署結合檢、廉、透明組織等單位，於100年發起「全民顧水、臺灣足水」廉政專案活動，是全國各地「機關採購廉政平臺」濫觴。透過公民參與、水權申請查詢、全民督工、工程資訊公開等一列行政透明措施，結合廉政目標來確保工程品質，多項重大工程(如：曾文水庫防淤隧道工程)屢獲公共工程金質獎、優良工程金安獎的肯定，曾文、南化及烏山頭3座水庫總清淤量高達935萬立方公尺(相當於一整座蘭潭水庫的有效庫容或3.6個澄清湖)，豐碩成果充分顯示顧水廉政專案的成功。