曾文辦公區
地址：715004 臺南市楠西區密枝里70號 電話：(06)5753251-9
鐵路、公車路線：
臺南火車站→大臺南公車(北站)綠幹線→玉井轉運站→綠24支線（南區水資源分署站）
行車路線：
南下行車
國道 1 號高速公路→官田系統交流道→臺84線東西向快速公路→玉井→臺3線往楠西→175縣道→曾庫公路→南水分署曾文辦公區
北上行車
第一路線
國道1號高速公路→臺南系統交流道→國道8號高速公路→新化→臺20線省道→左鎮→玉井→臺3線往楠西→175縣道→曾庫公路→南水分署曾文辦公區
第二路線
國道3號高速公路→官田系統交流道→臺84線東西向快速公路→玉井→臺3線往楠西→175縣道→曾庫公路→南水分署曾文辦公區
燕巢辦公區
地址：824002 高雄市燕巢區工程路1號‧電話：(07)6166137-9
行車路線：
國道1號高速公路→ 岡山交流道→186縣道 (安招路、中民路)東行→進入燕巢市區前，左轉高29縣道(新生路、菜寮路)依本分署指標前行約3公里後即抵達。