台北市轄的基隆河段亦因河道蜿蜒坡度平緩，於颱風期間經常漫溢兩岸，台北市政府亦以同樣的保護標準研擬規劃「基隆河整治計畫」，經核定於民國80年開始實施，85年底完工，總投資金額達1,579億元。由於都會區的居住人口逐漸往中上游發展，而基隆河中上游的防禦標準不足，人口密集區的五堵、百福、汐止等地區遇雨即淹，如87年之瑞伯、巴比絲颱風均造成淹水的重大損失，但要提高保護標準勢須拓寬河道，所需土地徵收費用龐大，並有相當多的排水及橋樑改善配合工程，故思以分洪方式將上游洪水分洩入海，不經本流往下游，可降低下游洪水位，維持原有河道寬度，輔以堤防護岸及河道疏浚整理工程，大幅減少土地徵收及相關配合工程費用。於91年編列316億元推動基隆河整治，其中員山子分洪工程於94年完工，經費約75億元。