【一】我們為什麼需要廉政署？
◎除惡務盡，絕不與腐敗勢力妥協
「我有決心，我有非常大的決心要建立乾淨的政府，不是只有首長本身清廉，要讓清廉成為每一個公務員心中的理念，讓每個公務員都知道清廉是不能夠違反、不能夠踐踏的原則，而且絕不容許少許貪瀆的官員讓所有公務員蒙羞、讓政府形象被破壞、讓公權力被腐蝕。」7月20日，總統在成立廉政署的記者會上，向人民與全體公務員做出莊嚴的宣示。
99年6月初，多位警察出入黑道經營的場所，引起全民關注；7月初，高等法院院幾位法官涉嫌集體收賄，更令舉國譁然。政府當然不能夠容許社會正義的最後防線被極少數不肖警察、法官與檢察官輕易摧毀，因此，一定要提出更有效的防貪、肅貪行動，才能夠向人民交待。
◎建立廉政專責機關，以圖正本清源
制度上，因為法律體系不同，我們沒有仿照香港或新加坡的模式，讓「廉政署」直屬最高行政首長或國家元首。但我們的策略和香港相同，「執法、預防、教育」三管齊下，由我國第一個專責廉政機關「法務部廉政署」統籌規劃執行，讓肅貪力量更強大周延。
「廉政署」只調查貪瀆，所以跟調查局、警政署、海巡署等其他犯罪調查機關不會疊床架屋，不會爭功諉過，各機構都是在獨立偵辦的檢察官指揮之下辦案，彼此分工合作，形成「交叉火網」，更能杜絕貪腐死角。
在勿枉勿縱、保障人權的基本原則下，設立「廉政署」的最主要目標，第一、要降低犯罪率，透過反貪、防貪，減少貪污；第二、要提高貪污定罪率，若真有貪污，要掌握充分證據以定罪。
◎成立廉政署三大主因：
第一、要加大、增強我們肅貪與防貪的能量。在肅貪方面，「廉政署」不但有派駐檢察官，還有具有司法警察身分及調查權的「廉政官」，足以深入瞭解機關內部可能發生的貪瀆，在保障人權的前提下，可以依法向法院申請搜索、扣押，乃至於羈押，就會提升它肅貪的能量、效率與成果。在防貪方面，各級政風機構遍佈在1,900多個機關，可透過「廉政署」來強化，尤其希望貫徹97年8月1日公布實施的《廉政倫理規範》，規範公務員的社交應酬。
第二、要符合民眾的期待。近兩年，民調顯示有七成以上民眾希望政府設立專責肅貪機關。
第三、要符合國際潮流。聯合國在2003年通過《國際反腐敗公約》，要求締約國能夠成立一個或數個肅貪與防貪的機關。設立廉政署，正是向國際間展現我們肅貪、防貪的決心。
◎杜絕貪瀆，機關首長決心為必要
成立「廉政署」就能解決政府裡面貪瀆的風氣嗎？當然不可能。總統強調，杜絕貪瀆與首長決心有絕大關係，並提出每一位公務機關首長應有的風骨與作為：
（1）防貪「四不」，以身作則：
「不願貪」，因為自持清廉；「不必貪」，因為俸足養廉；「不能貪」，因為法規完備、無隙可鑽；最後是「不敢貪」，嚴刑峻法、不敢違逆。
（2）肅貪16字，不怕家醜揚：
機關內部發生問題，應用16個字處理：「主動發掘、明快處置、配合偵辦、對外說明」。首長必須有決心，讓部屬齊一步伐，尤其不能有害怕家醜外揚的心態。
（3）定期廉政會報，貫徹倫理規範：
中央與地方各機關，都應該定期透過廉政會報來檢討機關內部的風紀，貫徹行政院通過實施的《廉政倫理規範》。
【二】成立廉政署與現況有何不同？為何不能加強現有肅貪機制以發揮打擊貪腐之功能？
我們認為成立廉政署與現況有三種不同：
（一）唯一專責廉政機構：廉政署是我國唯一符合《聯合國反腐敗公約》第6條與第36條規定的廉政專責機構，代表我國願意遵守國際規約的承諾，並提升我國國際廉能形象。
（二）首創「派駐檢察官制度」：廉政署署本部及各地區調查組之廉政官具有司法警察權，由派駐廉政署檢察官直接指揮偵辦貪瀆案件，建立檢察官「期前辦案」模式，在案件醞釀階段即投入偵辦，更能及早掌握犯罪事證。
（三）創設「廉政審查委員會」：由社會公正人士組成「廉政審查委員會」，防止誤判、拖辦及包庇吃案，監督廉政署透明的運作，可提升其獨立性與超然性。
廉政署可發揮三項不同的效果：
（一）加大、增強肅貪防貪能量：廉政署職掌包括國家廉政政策擬訂、協調及推動、貪瀆預防、反貪宣導、貪瀆相關犯罪調查等事項，分從治標、治本整治貪腐，採取社會參與、預防弊端、教育宣導、懲治貪腐多管齊下策略，方能形成完善的廉政網絡，從根本解決貪腐問題，降低貪瀆犯罪率。
（二）提升貪瀆定罪率：廉政署由派駐檢察官、廉政官結合政風機構熟悉機關生態及作業法規流程的優勢，更能精準判斷犯意及掌握犯罪事證，提升定罪率，達成「抓得到、判得下」的目標。
（三）確實保障人權：廉政署將建立嚴謹的工作紀律，絕不追求「辦得大、辦得多」，而致力於「辦得準、辦得好」，務求樹立良好的辦案紀律與偵查文化。發動肅貪行動，將以「不張揚、不放話、不誇大」之辦案風格，使被調查公務員之人權及機關聲譽均獲得充分保障。
【三】難道設立廉政署就可以「弊絕風清」？
「弊絕風清」是每個政府廉政工作的願景，但即使全世界最清廉的國家依然會存有貪腐現象；依據國際透明組織發表的2010年「貪腐印象指數」顯示，我國在全球178個國家中排名第33名，屬中度廉潔的國家，而新加坡與香港地區等高度廉潔的國家或地區，還是有貪瀆案件發生。所以，反貪腐工作是必須不斷地持續進行，而且是任何一個政府永遠的挑戰和責任。
成立廉政署的目的在於設置一個能夠整合反貪、防貪與肅貪機制的全新專責機關來策劃與執行國家廉政建設。我們相信，經由適當的整合規劃，並形成全民反貪文化，可以達成降低貪瀆犯罪率、提升貪瀆定罪率及確實保障人權三大目標，以達成公務員「不願貪、不必貪、不能貪、不敢貪」的「四不」境界。
【四】廉政署如何結合查處與預防，做好廉政工作？
廉政工作應該標本兼治，肅貪（執法）僅是治標的查處手段，反貪（教育）、防貪（預防）方是治本之道。或許有人覺得，預防不會有作用，只要加強查處就可以了，但以明太祖朱元璋為例，他嚴刑峻罰，欲以殺止貪，尚且感嘆說：「我欲除貪贓官吏，奈何朝殺而暮犯！」
「執法、預防、教育」的反貪策略，是香港廉政公署成功的因素之一，所以廉政工作的正本清源之道，須反貪、防貪、肅貪三管並進，預防與查處相輔相成、不可偏廢，以達到每位公務員均不願貪、不必貪、不能貪、不敢貪的「四不」目標，同時兼顧保障人權，才是進步的法治國家。
法務部廉政署將分從治標、治本整治貪腐，發展適合我國制度的作法，結合政風機構推動社會參與的反貪工作，形成完整的廉政網絡，藉由不斷推動教育宣導及制度改善的預防措施，防制貪污，倘仍有公務員知法犯法，將視具體情節，分別啟動行政、刑事懲處，同時對其他公務員形成警示效果，嗣後再檢討機關貪污風險管理，策進預防機制，逐步完善各項制度。
【五】廉政署是拼裝車、新瓶裝舊酒，只是政風司換個招牌？
廉政署是依《聯合國反腐敗公約》精神與內容而設計，絕非是政風機構改制。廉政署成立初期僅規劃設置200人，將自檢察（司法）事務官、調查官、司法警察（官）及現有政風人員中，嚴格甄選具犯罪調查實務經驗者，及法律、財經、工程、科技、外語等專業人才，加入廉政工作行列。在調查案件時則與司法警察（調查）機關以交叉火網、分進合擊的方式，強力肅貪。未來法務部更將建立嚴格考核機制，隨時淘汰不適任人員，故廉政署絕對是一支公正、廉潔且專業均屬上上之選的生力軍。
廉政署將採「派駐檢察官」機制，建立檢察官先期介入偵查之期前辦案模式，由各地檢署派駐檢察官於廉政署，直接指揮廉政官及相關司法警察偵辦貪瀆案件，經由多重過濾查證機制，精準掌握犯罪事證，在「檢察一體」及「偵查不公開」之下，落實保障人權及展現偵查犯罪之獨立性，並秉持案件不分大小、公開透明、不論層級，事證明確一律嚴辦之原則，提升偵辦貪瀆案件之時效與效率，於精緻偵查之效能中提高定罪率，展現政府肅貪決心。
廉政署另將設置「廉政審查會」，遴聘社會各專業領域代表、專家學者及相關機關代表擔任委員，共同監督廉政署業務推動。廉政審查會除提供廉政政策之諮詢、評議事項外，並針對民眾投訴、社會輿論質疑處理失當及調查結果未移送偵辦等線索，進行事後之審查監督，以促進廉政署公正超然行使職權，樹立依法行政之廉明形象，接受全民監督與檢驗，獲取社會大眾信任。
【六】廉政署與調查局職掌是否疊床架屋？
法務部廉政署具有規劃廉政政策、執行反貪、防貪及肅貪職掌，而肅貪僅是調查局查察賄選、國家安全及經濟犯罪等職掌的ㄧ部分，且調查局未主管廉政政策規劃與「國家廉政建設行動方案」等防貪工作。故兩個單位僅在肅貪方面職權相同，而在防貪與反貪工作上，並不重疊。再以毒品防制來說，調查局組織法明定為調查局20項職掌之一，但是由警察、調查、海巡、憲兵、海關等分進合擊，發揮整體效益。
將來廉政署是專責但不獨占，全力辦理公部門的肅貪案件，配合與調查局明確且適當的分工，在檢察官統合、指揮下，形成「交叉火網」，發揮複式布網功能，進而減低犯罪死角。
因此，這是發揮整體戰力，絕不會一案兩辦，也不會增加作業流程，若有踩線疑慮，由最高檢察署中央肅貪督導小組，及各地檢署肅貪執行小組，負責肅貪調查行動的協調，並不會重疊，即可避免疊床架屋。