一、為落實「無紙化」作業，本署自94年起推行公文線上簽核系統，正式開啟電子公文之路，除滿足本署台北、台中兩地三處辦公區間公文文書作業需求，進而推廣至所屬各水資源局及河川局等15個機關，除提昇公文傳遞及簽辦作業效率外，亦提昇本署及所屬行政效率與機關形象。
二、電子公文線上簽核之創簽稿、加註會辦意見、核判決行等，均需整合數位憑證，以達公文資訊之機密性、完整性與不可否認性。本署於102年10月開始導入自然人憑證應用，其加簽數已占公文總量之30.78%，因已獲致可觀績效，而獲得內政部「自然人憑證應用系統評比活動」之「公務應用系統組」優良獎。未來隨著使用期間增加，其績效將更顯著。