河川治理規劃業務自民國56年10月成立河川治理規劃總隊成立以來，可簡要歸納幾個階段：
一、台灣省主次要河川治理規劃
為利規劃工作推動，於民國56年10月成立河川治理規劃總隊(水利規劃試驗所前身)，使河川治理先透過河川規劃(如束洪、導洪、蓄洪、分洪、避洪等較多面向進行思考)，擬訂河川治理計畫，經審議公告後再據以實施。主要河川高水治理規劃及計畫，為十二、十四項經建及六年國建防洪工程之依據。
二、重要河川環境營造計畫
經濟部水利署秉承政府「挑戰2008—生態治河、親水建設」重大政策，於民國93 年起推動「重要河川環境營造計畫（93 年∼97 年）」（第一期）， 以建置河川基本資料、改善河川環境、確保河川正常機能，維護及營造自然豐富之水邊環境及親水遊憩空間、促進河川生物多樣性為目標，使達成重要河川防災減災及營造自然豐富河川環境之重要任務。配合國家「2015 年經濟發展願景」建立繁榮、公義、永續的美麗台灣之生活環境總目標，辦理第二期計畫(98 年~103 年)。
三、基隆河整體治理
基隆河為淡水河水系一大支流，基隆河南湖大橋以上河段，河流蜿蜒於山谷間，河道兩旁均屬河谷地形，平地面積狹窄地勢低窪，因其鄰近台北都會區，致兩岸土地高度開發利用，造成嚴重與水爭地現象，且由於地理位置與地形影響，流域山區形成兩大降雨中心，一為上游火燒寮山區，一為下游陽明山區，每遇颱風極易產生暴雨，導致山洪暴發，引起低窪地區遭洪水淹沒形成災害，其中尤以汐止、五堵地區最為嚴重。
民國89年11月經濟部水利署研提加速優先推動「員山子分洪工程計畫」，期以分洪方式減少下游洪水量降低中下游之洪患風險，惟單獨實施員山子分洪並無法達到治理基本計畫重現期200年洪峰流量保護程度，爰此，本分署(原水規所)研提「基隆河整體治理計畫」，於民國90年5月行政院核定後實施，詳圖1。
圖1 民國91年工程設計分洪路線圖
基隆河整體治理計畫之初期，實施治理計畫已於民國91年3月底完成，完工後僅能防範10年重現期之洪峰流量，在兩岸已高度開發、河槽受限、容洪空間有限下，乃研議各種可能方案，以減輕基隆河洪患。基隆河整體治理計畫係在員山子分洪工程推動前提下，進行相關整治對策，本分署辦理基隆河整體治理計畫於民國91年4月奉行政院核定，為解決基隆河水患問題計畫方向及方案概分為防洪或蓄洪、分洪、疏洪、滯洪、支流截流及河道疏浚等工程措施，在非工程措施方面，包括低窪地區洪災保險、易淹水區土地使用規劃、洪氾區管制及劃設等，詳照片1、2。
照片1 基隆河員山子分洪施工前照片
照片2 基隆河員山子分洪完工後照片
四、 易淹水地區水患治理計畫
為有效改善地層下陷區、低漥區及都市計畫等地區之淹水問題，進而保護民眾居家安全，保障國家經濟命脈，民國94年經濟部提出比照基隆河模式，系統性治理縣（市）管河川、區域排水及事業海堤，有效解決淹水問題之構想後，奉行政院第10次財經會報院長裁示，原則同意，並由經濟部研提實施計畫。
於民國95年至102年，配合易淹水地區水患治理計畫完成得子口溪、南崁溪、苑裡溪、林邊溪、太麻里溪、知本溪、利嘉溪及美崙溪等治理規劃工作。
五、中央管流域整體改善與調適計畫
將推動「中央管流域整體改善與調適計畫」（民國110 ~115年)，係規劃將以氣候變遷風險情境作為流域防洪能力之壓力測試，釐清高中低風險區位，導入風險管理概念，研提氣候變遷調適作為，同時亦考量棲地環境保育、水岸風貌、水文化、水歷史及自然地景營造，以提升水岸環境品質，打造「韌性承洪，水漾環境」為目標願景。