水庫清淤作業是延長水庫使用壽命的重要措施。近五年（109–113年），全國共辦理石門水庫等34座水庫的清淤計畫，累計清淤總量達8,862.85萬立方公尺。整體而言，清淤量呈逐年上升趨勢，113年更首次將「水力排砂」納入統計範圍，除原有陸挖與抽泥作業外，使該年清淤量達2,509.65萬立方公尺，較109年的1447.92萬立方公尺增加73.33%。
以各水庫近五年累計清淤量觀之，石門水庫以2,228.93萬立方公尺居冠，占整體清淤量的25.15%；其次為曾文水庫，累計清淤量2,146.74萬立方公尺，占比24.22%；高屏溪攔河堰則以1,550.99萬立方公尺排名第三，占比17.50%。三者合計占整體清淤量約67%，為清淤作業的重點水庫。
進一步觀察上述三座水庫的年度清淤變化，曾文水庫自109年至110年清淤量逐年增加，111年起因配合水情政策暫停抽泥，致清淤量略有下滑；石門水庫則呈穩定成長，113年清淤量更達565.1萬立方公尺；高屏溪攔河堰亦有緩步上升趨勢。
水庫淤積問題已對農業、民生、工業及環保等各類用水穩定性造成衝擊，近年來極端氣候更加劇此問題。水利署持續推動水庫清淤工作，透過陸挖、抽泥及水力排砂等多元方式，期能有效抑制淤積，提升水資源的調度韌性與穩定性。