水庫清淤作業是延長水庫使用壽命的重要措施。近五年（110-114年）全國共辦理曾文水庫等34座水庫的清淤計畫，累計清淤總量達9,712.43萬立方公尺。總量由 110 年的 1,771.69 萬成長至 114 年的 2,297.50 萬，增幅達 29.68%。113年除原有陸挖與抽泥作業外，更首次將「水力排砂」納入統計範圍，帶動清淤量衝至 2,509.65 萬立方公尺之巔峰。
以各水庫近五年累計清淤量觀之，曾文水庫累計 2,432.65 萬立方公尺居冠，雖 112 年受水情影響下滑，但 113 年起反彈，近兩年維持在 660 萬以上高清淤量。石門水庫累計 2,345.14 萬立方公尺次之，呈穩健增長，於 113 年達到 565.09 萬立方公尺高峰。高屏溪攔河堰 累計 1,649.88 萬立方公尺再次之，近年維持在 330 萬立方公尺以上，清淤量能穩定。三者合計占整體清淤量約66%，為清淤作業的重點水庫。
水庫淤積問題已對農業、民生、工業及環保等各類用水穩定性造成衝擊，近年來極端氣候更加劇此問題。水利署持續推動水庫清淤工作，透過陸挖、抽泥及水力排砂等多元方式，期能有效抑制淤積，提升水資源的調度韌性與穩定性。