水庫清淤是延長水庫壽命很重要的一環，近5年（108-112)公告水庫清淤計畫工作總計辦理曾文水庫等30座，累計清淤總量達7,332.96萬立方公尺。觀察近5年清淤量大致呈逐年上升趨勢，由108年清淤量979.76萬立方公尺上升至112年清淤量1,569.61萬立方公尺(+60.20%)。
若以各水庫近5年累計清淤量來看，以石門水庫累計清淤量1,827.20萬立方公尺為最多(占總量24.92%)，曾文水庫累計清淤量1,614.75萬立方公尺(占總量22.02%)次之，高屏溪攔河堰累計清淤量1,437.83萬立方公尺(占總量19.61%)為第三，此三水庫累計清淤量約占總量六成六左右。
觀察上述三座水庫近5年清淤增減情況，曾文水庫由108年逐年增加至110年，111年起因配合水情政策暫停抽泥，致清淤量微幅減少，而石門水庫則呈逐年上升趨勢，112年清淤量更高達457.3萬立方公尺，高屏溪攔河堰則呈緩步上升；其中石門水庫近5年清淤量成長率達179.94%為最高，高屏溪攔河堰成長40.55%次之。水庫淤積已影響農業、民生、工業與環保用水的供水穩定，近年來極端氣候更加重水庫淤積問題，水利署積極推動各項水庫清淤工作，希望透過陸挖、抽泥與水力排砂等多元清淤方式減緩水庫淤積。