水庫清淤是延長水庫壽命很重要的一環，近5年（107-111)公告水庫清淤計畫工作總計辦理曾文水庫等34座，累計清淤總量達6,736.12萬立方公尺。觀察近5年清淤量大致呈逐年上升趨勢，由107年清淤量972.78萬立方公尺上升至111年清淤量1563.97萬立方公尺(+60.77%)。
若以各水庫近5年累計清淤量來看，以曾文水庫累計清淤量1594.34萬立方公尺為最多(占總量23.67%)，石門水庫累計清淤量1,480.77萬立方公尺(占總量21.98%)次之，高屏溪攔河堰累計清淤量1,246.66萬立方公尺(占總量18.51%)為第三，此三水庫累計清淤量約占總量六成左右。
觀察上述三座水庫近5年清淤增減情況，曾文水庫由108年逐年增加至110年，111年因配合水情政策暫停抽泥，致清淤量微幅減少，而石門水庫則呈逐年上升趨勢，111年清淤量更高達444.5萬立方公尺，高屏溪攔河堰則呈緩步上升；其中石門水庫近5年清淤量成長率達300.87%為最高，高屏溪攔河堰成長66.24%次之。水庫淤積已影響農業、民生、工業與環保用水的供水穩定，近年來極端氣候更加重水庫淤積問題，水利署積極推動各項水庫清淤工作，希望透過陸挖、抽泥與水力排砂等多元清淤方式減緩水庫淤積。