政府對於台灣沿海地區地層下陷問題向極重視，本院於民國八十四年十一月二日核定實施之「地層下陷區土地利用」、「加強地層下陷區產業輔導」、「加強地下水管制及水資源規劃」及「教育宣導」等四大防治對策，以全方位方式防治地層下陷，並由經濟部及本院農業委員會負責推動，以解決目前諸多水土資源惡化現象及紓緩地層下陷問題。
另該方案防治對策貳「加強地層下陷區產業輔導工作」，其主要目的在於補助或輔導地層下陷地區之產業發展（如調整漁業產業結構、設置養殖漁業生產區、提高養殖漁業用水效率），及工業節約用水之推動（如提高工廠用水效率、規劃工業專用供水系統），使地層下陷地區之產業結構藉以轉型成為低淡水依賴度之產業型態，並鼓勵使用循環用水及提高用水效率，以降低產業對地下水之抽取。此外，並配合農地釋出方案「為使地層下陷區土地更為有效利用，經經濟部公告之嚴重地層下陷區範圍內之農地變更得免繳回饋現金，以鼓勵優先使用該地區農地」（經濟部已於八十八年一月二十八日公告嚴重地層下陷區範圍，嘉義縣境內計有東石鄉及布袋鎮等二鄉鎮為嚴重地層下陷區），及「工商綜合區開發設置管理辦法」修正部分條文中（經濟部與內政部於八十八年四月二十一日會銜公告），已明訂依該辦理申請開發之土地得免繳損獻金者，包含經濟部公告之嚴重地層下陷區範圍內之土地等規定，使廠商得享免繳回饋現金之優惠，以鼓勵民間共同參與，促使該等地區土地更為有效利用，改變目前地層下陷區土地不當利用之型態而遏止地層下陷。