本署一級單位主管以上職務派任（代理）情形如下：
一、署長：賴署長建信。
二、副署長：王副署長藝峰、黃副署長宏莆及林副署長元鵬。
三、總工程司：連總工程司上堯。
四、主任秘書：陳主任秘書建成。
五、副總工程司：簡副總工程司振源、周副總工程司 文祥、張副總工程司庭華、白副總工程司烈燑及陳副總工程司春宏。
六、綜合企劃組組長：李組長榮富。
七、水源經營組組長：郭組長純伶。
八、河川海岸組組長：林組長家弘。
九、水利行政組組長：蘇組長柄源。
十、保育事業組組長：周副總工程司文祥代理。
十一、水文技術組組長：簡組長昭群。
十二、水利防災組組長：林組長益生。
十三、工程事務組組長：許組長朝欽。
十四、土地管理組組長：吳組長益裕。
十五、資訊室主任：楊主任介良。
十六、秘書室主任：蘇主任聰益。
十七、人事室主任：宋主任淑鈴。
十八、主計室主任：鄭主任素惠。
十九、政風室主任：徐主任啟文。