莫拉克風災超大豪雨對曾文水庫造成嚴重衝擊，集水區崩坍致河道及水庫嚴重淤積，直接衝擊供水穩定度，水利署於災後緊急疏通淤塞河道，同時加速辦理水庫清淤，配合國軍協助辦理清淤，累計至99年6月底疏濬（通）量達58萬立方公尺，達成汛期前階段性清淤目標，該署也將持續加強清淤及儘速規劃完成水庫防洪防淤設施。
水利署表示，為了解決水庫集水區及下游流域整治問題，中央將成立跨部會小組，且流域管理局是未來將走的路，俾全面性整治管理並將成立環境資源部，將台灣區分為五大流域進行管理，針對「曾文南化烏山頭水庫治理及穩定南部地區供水特別條例」6年540億預算，中央將審慎訂立一套審核機制，嚴格審核預算作最有效運用。
水利署指出，台灣地區地質環境受造山運動、地震等影響致鬆動脆弱是宿命危機，專家學者環保團體一致呼籲採「流域管理」就是一種〝轉機〞，在石門水庫整治特別條例的經驗裡，告訴我們「跨域整合」，即成立跨部會的工作小組並以全面性整治及管理，從上游到下游，各部會代表、縣市政府及環保團體都參與，在工作小組內提供意見、看法，讓計畫更為周延，這也就是未來環資部成立必要性之縮影。
為了南部供之永續水利署並研提「曾文南化烏山頭水庫治理及穩定南部地區供水特別條例」業奉 總統府公佈實施，總計將投入540億元自99年至104年，將辦理曾文、烏山頭與南化水庫及其集水區整體治理、水庫既有設施改善、清淤與下游淨水廠改善及管線汰換等，計畫完成後可抑止集水區崩坍及泥砂下移，可減緩水庫淤積。
該署鄭重指出，水庫整治是千頭萬緒，不單是政府機關要花錢，民眾也要體諒並共體時艱，不亂開墾並隨時注意集水區保育的重要性，保育做得好災害自然減到少。
水利署發言人：吳副署長約西
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