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水系別1河流別名稱治理區段起點治理區段終點流經地區
曾文溪主流曾文溪曾文水庫溢洪道出口出海口嘉義縣、台南市
支流後堀溪南化水庫下游清芳橋後堀溪、曾文溪合流點台南市
支流官田溪烏山頭水庫洩洪道終點官田溪、曾文溪合流點台南市
 支流菜寮溪鏡面水庫副壩菜寮溪、曾文溪合流點 台南市
鹽水溪主流鹽水溪關廟新光村合流點出海口台南市
 支流那拔林溪新化區那拔里千鳥橋合流點台南市
二仁溪主流二仁溪內興村台三線公路橋出海口台南市、高雄市
支流牛稠埔溪田寮區牛稠埔牛稠埔溪、二仁溪合流點高雄市
 支流松子腳溪台南市龍崎區大平里大坪二號橋二仁溪合流點台南市
阿公店溪主流阿公店溪阿公店水庫溢洪道終點出海口高雄市