本分署設有企劃科、水質科、保育科、管理科、建管科等五個業務科及秘書室、人事室、主計室、政風室等四個幕僚單位，負責管理新店溪青潭水源、水質、水量保護區，掌理下列事項：
壹、本分署掌理下列事項： 一、公共污水下水道系統之建設及維護。 二、年度計畫工程之興辦、設計、施工、監造及相關工務行政。 三、新店溪青潭自來水水質水量保護區水源保育及回饋費之業務推動。 四、臺北水源特定區計畫之建築管理。 五、其他有關保護臺北水源特定區水源水質水量管理事項。
貳、組織架構：
