本分署依據「經濟部水利署各區水資源分署組織準則」、「經濟部水利署中區水資源分署辦事細則」及「經濟部水利署中區水資源分署編制表」等規定，置分署長1人、副分署長2人、主任工程司1人、秘書1人，並設計畫科、品管科、工務科、水文科、經管科、養護科及資產科7個業務單位，石岡壩、鯉魚潭水庫、湖山水庫、集集攔河堰及鳥嘴潭人工湖5個管理中心，另設秘書室、人事室、政風室及主計室4個輔助單位，共計職員126人。
- 本分署隸屬經濟部水利署，為中央政府四級機關。
- 本分署轄下7個業務單位、4個輔助單位及5個管理中心等共16個單位。
- 本分署職員126人、保警14人、約僱人員3人，合計143人。
