石門水庫平時會依據下游需水量，分別由石門大圳、桃園大圳、平鎮淨水場第二原水抽水站、溪州圳、大漢溪等管道供應民生、工業及農業用水。
颱風時的防洪放水作業則是依據中央氣象局發布的颱風動態資料，預估降雨量以及上游集水區水文狀況，水庫入流量，水庫水位及蓄洪空間等資訊，同時考量水庫後續穩定供水能力，綜合研判適時洩洪量及洩洪時間，並於颱風後回蓄庫水，以確保各項供水效益，兼顧水庫防洪與供水之標的。
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