為端正機關風氣，肅清貪瀆不法，行政院法務部於民國80年研擬「政風機構人員設置條例」，將原來政府各級機關及公營事業中人事查核單位改制為政風機構，該條例經立法程序審議通過，並於81年7月1日由總統明令公布施行，同年8月18日法務部正式設立政風司，統籌策劃辦理全國政風業務，並將各機關中原設之人事查核單位改制為政風機構。
另為回應民眾期待，加大防貪、反貪及肅貪效能，落實「聯合國反貪腐公約」各項措施， 馬英九總統於民國99年7月20日宣布設置「法務部廉政署」，專責於國家廉政政策規劃，執行防貪、反貪及肅貪業務，以治標（執法）、治本（防貪）及根除（教育）三管齊下策略，達成提高貪瀆犯罪定罪率、降低貪瀆犯罪率及落實保障人權等三大目標。嗣經立法院完成三讀立法程序，總統於100年4月20日令制定公布「法務部廉政署組織法」，行政院並核定法務部廉政署於100年7月20日成立迄今。