(一)水庫淤積現況
根據石門水庫淤積測量資料顯示(每年實施測量1次)，水庫設計蓄水容量為3.09億立方公尺。歷年總淤積量受到921地震後集水區大範圍土石鬆動、艾利颱風暴雨沖刷，以及96年巴陵壩損壞(估計近1,047萬立方公尺土石流入)等因素影響而顯著成長。為延續水庫使用壽命，「石門水庫及其集水區整治計畫」特別預算與常態性預算編列多項既有設施防淤功能改善及清淤經費，水利署每年逐步實施減緩水庫淤積。
經近年積極推動多元清淤，104年至114年近10年庫容減少105萬立方公尺，年平均淤積量10.5萬立方公尺，年平均清淤量354.8萬立方公尺，年入庫泥砂量365.3萬立方公尺，基本上近10年庫容維持平衡狀態。
(二)石門水庫清淤作業及庫容維持策略
水庫淤泥本屬河川既有自然產物，水庫淤泥如何回歸下游河道及其終端去處，為推動水庫永續及活化主要方向，因此石門水庫淤積物清除規劃主要方向：
1.機械動力清淤
以機械設備進行抽送或挖運方式清淤；藉由河道泥砂運移之特性，將蓄水域上、下游淤積物分別處理。蓄水域上游（義興防砂壩及羅浮橋下）淤積物以機械陸挖及採售分離土石申購方式辦理。蓄水域下游淤泥則是以抽泥浚渫方式將庫底淤積物經由輸泥管輸送至大壩下游沉澱池置放。另為能使抽泥浚渫之淤泥有足夠蓄容空間，配合將沉澱池淤泥進行清運作業，以運輸卡車清運土方至公共工程土方交換指定場所或合法土石收容場所。
2.水力排砂
93年艾利颱風過後，造成石門水庫大量淤砂，對於既有設施重新檢討並思考排砂效益，同時因石門水庫及其集水區整治計畫特別預算之挹注，而以新建、改建既有設施方式，規劃利用既有電廠壓力鋼管改建成排砂專用鋼管，並設置排砂閘門控制系統，於颱洪期間配合洪水夾帶異重流，進行水力排砂，順勢將泥砂排入河道放淤，俾減少庫區內淤積。
另阿姆坪防淤隧道結合抽泥、輸送及水力沖淤功能，平時可配合抽泥作業，於颱風豪雨等適當水文條件下，利用水力將淤積泥砂沖排至下游河道，以提升水庫防淤效能。
(三) 石門水庫清淤作業執行情形
1.羅浮橋下及義興壩有價料清淤
依據河川水庫疏濬採售分離土石申購作業規定，以採售分離方式進行，其中挖裝標部分由北水分署以公開招標方式發包辦理，同時就挖運成本計算有價料販售價格，再以申購作業方式公開邀請符合資格者進場提料，每年清淤計畫目標量：羅浮橋下10萬立方公尺，義興壩攔砂壩10萬立方公尺。
2.無價料清淤作業
包括抽泥浚渫及沉澱池土方清運，抽泥浚渫係設置抽泥平台船抽取庫底淤泥，以絞刀式機械抽泥頭擾動底泥，再以油壓泵抽送泥水。阿姆坪防淤隧道以及壩區放淤管系統完工後，石門水庫刻正於壩前、大灣坪、阿姆坪場域執行抽泥作業，成效良好，抽泥量每年逐步上升，年抽泥量已可穩定達300萬立方公尺以上。沉澱池土方清運，主要功能在增加浚渫抽泥堆置空間，目前北水分署主要有7口沉澱池，然因持續抽泥浚渫，且抽泥量日益加大，池區內之淤泥仍需配合清運至其他公共工程土方交換方式或合法收容場所，方可使水庫清淤持續進行。
阿姆坪防淤隧道可提供每秒600立方公尺的額外排洪能力，透過平時抽泥，沖淤池、出口堆淤，適當水文條件下水力沖淤等方式，協助提升水庫防淤及排洪效能。
3.水力排砂
颱風期間因大洪水所夾帶淤砂，以異重流方式進入庫區，若無適當排淤設施，將造成水庫形成泥水潭而無法供水；北水分署於石門水庫及其集水區整治計畫，辦理分層取水工工程及電廠防淤改善工程，除能確保颱洪期間取得適當水源外，亦透過底孔排砂方式，將異重流入庫後儘可能排除，減少淤積於庫區內，達蓄清排渾之效；依據近5年（110年至114年）實際水力排砂統計數據顯示，近5年合計排砂約211.26萬立方公尺，平均每年約可排砂42.25萬立方公尺，每年可減少清淤成本，除為國庫減少支出，對水庫永續經營有助益。