依土地徵收條例規定，在徵收土地前，應先與所有權人協議價購或以其他方式取得土地及土地改良物，惟仍有所有權人因繼承、他項權利未塗銷等因素而未能達成協議，為使水利建設之遂行，最後需依土地徵收條例規定程序辦理徵收。
土地徵收主要補償項目如下：
一、地價補償標準：依土地徵收條例第30條規定：「被徵收之土地，按照徵收當期之市價補償其地價。前項市價，由直轄市、縣（市）主管機關提交地價評議委員會評定之。」
二、土地改良物補償標準：依土地徵收條例第31條規定：「建築改良物之補償，按徵收當時該建築改良物之重建價格估定之。農作改良物之補償，於農作改良物被徵收時與其孳息成熟時期相距在一年以內者，按成熟時之孳息估定之；其逾一年者，按其種植及培育費用，並參酌現值估定之。建築改良物及農作改良物之補償費，由直轄市或縣（市）主管機關會同有關機關估定之。」因用地取得作業涉及人民財產權，本分署於公聽會或協議價購會議時，以公平、公開方式宣導相關補償標準及作業，以保障所有權人及利害關係人權益。