民國112年12月4日水北畫字第1120505489號函修正
一、 公文線上簽核時，各簽核點人員及繕校人員對其文稿內容不論是否異動，均應採電子憑證簽章，以明責任；收文人員得不使用電子憑證簽章。
二、 簽核人員因故未能使用電子憑證簽章時，得採本分署核發之臨時憑證替代，並於歸檔前完成正式電子憑證之補簽作業；若無法補簽時，得由權責主管補簽並紀錄原因。未完成補加簽之公文，不得歸檔。
三、 電子來文由總收文人員掛總收文號，採線上分文簽核；來文屬條碼公文、代辦署函（簽）稿、外機關（單位）會簽公文及密件等四類，採紙本簽核及線上流程控管。
四、 紙本來文由總收文人員掛總收文號進行OCR掃描校對後，採線上分文簽核；來文附件屬下列情形者，總收文人員掃描來文但不掃描附件:
(一)附件非屬文件。
(二)附件文件超過20（含）頁。
(三)附件文件經掃描內容有失真之虞者，如小冊、照片、摺頁等。
五、 紙本來文附件不掃描時，總收文人員於收文登錄之附件資料欄，確實記錄附件名稱、媒體型式、數量等相關資料，並列印紙本（實體）附件表單併同原來文遞送
六、 密件公文應採隔離電腦製作文書，並俟核決後，由承辦人繕印公文併公文流程送總發文蓋用印信後，再自行密封交寄。
七、 承辦人員簽核時附件之處理方式:
(一)電子來文電子附件超過20（含）頁以上者，得視需要雙面列印紙本隨文陳核，並註明不重複歸檔。
(二)擬簽核之附件原則應為電子附件，須掃描者應以彩色掃描；但屬第四點第一、第二款情形者，以實體附件傳送。
(三)簽核電子附件應為可編修開放性格式（ODF，Open Document Format），但如為輔助說明或參考性質，得不使用可編修之檔案格式。
(四)非屬陳核內容但有參考必要者(如相關文號、歷次簽核文稿等)，應列於參考資料，不列為簽(稿)附件。
八、 收發人員(含總收發人員)對公文之處理，應本隨到隨收隨送原則，即時辦理檢視、簽收、分文傳遞或發文、存查結案及協助稽催等作業。
九、 承辦人員擬辦公文時，應預設簽會流程；各簽核點人員得依實際需求調整簽會流程；設定會辦流程時，得回傳承辦人員進行意見彙整；簽稿併陳時，系統均預設會簽不會稿，會辦單位得於簽加註意見即可；如有後會流程時，請於公文核決後再行設定。
十、 為利管制會稿、會辦時效，請確遵「文書處理手冊」簡化精神辦理。同一文稿會辦3個單位以上，以同步送會為原則；送會公文應按會簽會核速別及時限「最速件：1小時」、「速件：2小時」、「普通件：4小時」辦理；其他會辦之文件，受會單位應視同速件，並依收發文程序辦理。無論送會或收會均應管制時間，如不能依限送回原承辦單位時，應將原因、理由及預定時間通知送會單位。
十一、 線上簽核之「改分」，應於系統填寫公文改分表敘明拒絕理由，並經單位主管核章後，4小時內逕送秘書室辦理改分；公文經改分後，仍有疑義時，應敘明理由提陳一層主管（行政單位及資產科為秘書、業務單位為主任工程司）裁定，且不得再行改分。
十二、 水利署密件來文如本分署認不宜主辦時，請於當日填妥水利署密件公文提陳單，並敘明改分理由及建議分辦機關，依密件程序先送主工室或秘書核判後，再密封送請水利署核判分案。
十三、 承辦人應正確標示公文附件之名稱、媒體型式、數量及其他具關聯性字樣，或於系統輸入附件總稱（以25個中文字元為限）。
十四、 公文電子交換時，本文及附件檔案大小合計以不超過10MB （Megabyte）為原則，附件數量龐大或無法附隨於本文檔時，得將發文方式改為紙本，或於本文附件欄註明至公文附件專區下載(共用附件下載專區每件公文附件容量以50MB為原則）。如有實體附件者，其公文可採電子交換附件另寄方式，以增加公文電子交換比率。
十五、 收受水利署送會案件時，倘會辦本分署欄位空間不敷使用，請運用「簽稿會核單」，並於原稿會辦欄位註記「詳如簽稿會核單」字樣。另於簽稿會核單上，填妥「案情摘要」、「主辦機關」、「總收文號」及「受會機關」等欄位再簽辦意見，且置於文稿上隨同附送。
十六、 為掌握時效，承辦人收受開會通知單後，應儘速研具意見並簽陳核派人員與會，並依核示意見會知相關單位及人員。
十七、 為推動少紙化會議，應減少會議資料列印，除開會儘量利用電腦簡報投影等措施外，請以電子郵件傳送、敘明電子檔案儲存位置、登載於公文附件專區等方式辦理。
十八、 相關公告周知訊息，如活動宣導、通訊資料異動、公開資訊或其他一般性通報周知事項等，以登載機關或單位電子公布欄提供線上查閱為原則，並得輔以電子郵件通知，不另以紙本傳閱通報。
十九、 簽（稿）經陳核並已有各級主管表示意見而退回者，後續辦理方式:
(一)承辦人於直接修正原簽稿再陳，並於簽核意見欄補充說明。
(二)承辦人加簽(稿)再陳，原簽（稿）僅可「廢止」，不可「移除」或「刪除」，並於加簽文面說明。
二十、 各級主管核決公文，發文案件應選「發」；單位發文案件則統一選用「可」。未決行公文，不可歸檔；單位發文者，不可歸分署檔。
二十一、 承辦人及登記桌請加強檢視文書處理流程有無漏會、漏核情形，如發現應立即補會、補核；列管案件結案前請先送秘書室（文書）解除列管後，再送歸檔。
二十二、 總發文人員如發現明顯錯別字、漏字或贅字，應洽承辦人瞭解後，逕予修正或退請承辦人更正，並敘明錯誤之處。
二十三、 公文正副本含有電子交換發文者，總發文人員應於發文次日檢視公文資訊交換系統之交換情形，如有異常應即改發紙本文。
二十四、 檔管人員應檢視歸檔案件附件是否齊全，歸檔公文是否已辦畢，並檢查電子憑證簽章、決行情形，未實質辦妥公文應退回承辦單位續辦。
二十五、 來文之實體附件原則應隨文歸檔，無法歸檔應於附件表單註明原因，歸檔方式如下：
(一) 以電子檔案及紙本檔案併同歸檔者：研究計畫報告、業務計畫書、審查報告及出版品等，其研究報告及成果報告審查通過版本，應以電子檔案及紙本檔案併同歸檔；惟階段性報告審查資料（期初、期中、期末及工程保險單等）非最終版本，得免歸檔，附件清單勾選「其他」。
(二) 紙本來文及附件未達20頁者：掃描成電子檔歸檔（紙本僅供陳核，得不重複歸檔)，惟涉個人權益或法律信證、行政稽憑之紙本檔案，仍應以正本紙本歸檔；另如紙本附件應核章者，奉核後可掃描至「參考資料」歸檔。
(三) 紙本來文及附件超過20頁者：得以紙本或實體附件歸檔，惟屬函送外機關及廠商之實體附件（含送審附件）原則應歸檔1份備查。
(四) 得不歸檔者：會計憑證類資料因須使用正本，且主計憑證另有留存備查需要，由主計室依規定另行保管，附件清單請勾選「其他」。
(五) 公文奉核後，承辦人將抽辦之可掃描附件掃描上傳至「參考資料」，視同完成附件歸檔程序。
二十六、 應存本分署檔案之來文實體附件，如需抽辦暫時無法隨文歸檔者，歸檔辦理方式(歸檔時請登記桌及檔管人員核對)如下：
(一) 應於公文本文敘明，並經簽准。
(二) 公文歸檔時，應於「紙本附件清單」註明附件預計歸檔時間。附件辦畢後，歸檔至遲不得逾1個月，以利控管及追蹤；如有逾1個月使用需求，請先歸還再借調檔案。
(三) 附件續辦後歸檔，務必於附件封面註記文（編）號，免備文逕送檔案室辦理歸檔。
二十七、 為利實體附件抽存續辦之歸檔管控，秘書室將依附件預計歸檔時間（至遲不得逾1個月）進行稽催作業。