一、維持水庫正常營運穩定供水
(一) 分層取水工完成後增加颱洪期間水源供應能力。
(二)完成增設中庄調整池作為備用蓄水設施，並可同時達成廢河道整治、河川環境復育及營造水域環境等目標。
(三)降低發電進水口及永久河道放水口前之泥砂淤積面(量)，減少水路結構物與水輪機之磨損及水力發電機組之維修費，以維持發電效益。
(四)第1階段已完成庫區漂流木與沉木清除，並設置2條攔污索，避免水庫設施遭受流木損害，第2階段並將持續進行漂流木打撈清運工作。
二、延長水庫壽命
(一) 完成增加既有設施防淤功能效益（電廠及永久河道放水口防淤改善），並規劃集水區泥砂繞庫自然排入下游河道，補充砂源及平衡沖淤狀況，避免河道沖刷。
(二)減少水庫入砂量，持續清除上游攔砂壩泥砂，增加泥砂攔蓄量，發揮攔砂壩設計功能，減緩水庫淤積量，延續水庫使用壽命。
(三)加強辦理水庫淤泥浚渫及沉澱池土方清運，於計畫執行期間完成抽除水庫淤泥115萬立方公尺、沉澱池土方清運量145萬立方公尺，延長水庫壽命。
預期本整治計畫實施後將可改善台灣北部水資源供應能力及靈活性，並可增進集水區內之森林覆蓋率，進而減少泥砂產量，建立完善之災害通報系統，有效提升供水能力，保障民眾用水權益，進而保有好山好水，延長石門水庫之使用壽命並達成永續經營利用之目標。