自110年起，水利署(以下簡稱本署)依據行政院函頒之「行政院及所屬各機關風險管理及危機處理作業原則」規定（以下簡稱風險管理作業原則），將風險管理融入日常作業及決策運作，考量可能影響施政目標達成之風險，透過辨識及評估，採取內部控制或其他處理機制，以合理確保達成施政目標。
依據風險管理作業原則第5點規定，本署成立「風險管理專案小組」（以下簡稱專案小組，其組織架構如圖1），辦理風險管理工作(包含內部控制及內部稽核)，以掌握可能影響本署施政目標無法達成之內、外部風險。
風險管理步驟
依據風險管理作業原則第7點規定，風險管理步驟為∶建立背景資料、辨識風險、評估風險、處理風險、監督及檢討、傳遞資訊、溝通及諮詢(如圖2)，持續掌握可能影響機關施政目標無法達成之內、外部風險，並適時採取相關管控及回應作為。
風險評估及處理
114年度本署已辨識23項風險項目，並於114年度風險管理專案小組第1次會議時參照「風險容忍度」標準，以風險值R=2以下之低度風險為風險容忍度，超過此限度之風險均予以處理(風險判斷基準及其風險容忍度如圖3)。
未來辦理114年度風險管理專案小組第2次會議時，將會再就是否新增風險項目、內部控制缺失及興革建議追蹤表、內部稽核項目、自行評估單位進行討論，持續依據風險管理作業原則及「政府內部控制監督作業要點」規定，追蹤內部稽核報告之興革建議辦理情形，及辦理114年度內部稽核與自行評估工作，檢討風險項目，監督風險變化情形，檢討風險對策之有效性及風險處理步驟之正確性，以合理確保風險管理持續有效運作。