艾利颱風侵襲後，大量泥沙及漂流木沉積於石門水庫底部，每場颱風洪水易帶漂流木至進水口。近年，藉由水下檢查發現各進水口攔污柵受漂流木、淤泥阻塞等問題仍持續發生，亦發現PRO攔污柵桁架受漂流木撞擊變形損壞等問題，為保護設施安全，相關漂流木撿拾、淤泥水刀清除、柵桁架水下銲接修復等工作亦逐步完成。
石門水庫水下作業，屬高海拔、深水潛水範疇，如潛水員上升過快，外界壓力快速降低，人體內吸入的壓縮空氣中的氮氣(N₂)來不及排出體外，溶解在血液和組織中，氣泡會干擾血液循環，危害潛水人員生命安全，俗稱「潛水伕病」。另外在水庫底下水溫常態低溫，水下光源不足或工作中泥漿飄散，能見度甚低而，執行過程隱藏諸多不確定性，亦增加整體水下作業之困難度。
為確保潛水作業人員安全，石門水庫依據「異常氣壓危害預防標準」，制定相關檢查規定及嚴格執行潛水作業。因石門水庫最大潛水深度達75公尺，需採用人工調和混合氣進行潛水作業，並具備空氣潛水、人工調和混合氣供氣系統檢驗及潛水鐘操作能力。此外，由於石門水庫屬於高海拔地區，潛水作業涉及高海拔重複潛水及減壓操作，所有潛水人員須在每次作業間隔至少休息24小時，以確保體能恢復及減壓安全。作業過程中，潛水作業主管負責現場技術指揮與安全衛生管理，潛水設備檢查。作業期間，全程透過無線電進行即時通話，隨時掌握潛水作業執行狀況，並在潛水人員上升過程中，嚴格依據減壓表執行減壓程序。現場更備有待命人員及具急救能力的EMT（緊急醫療技術人員），以應對突發狀況。同時，詳細記錄潛水日誌，包含作業情形、減壓時間及其他工作紀錄，確保每項作業的可追溯性與安全性。
在執行潛水作業前，除職安勤前教育外、亦進行酒測及血壓量測等措施，確保人員身體狀況適合進行潛水作業，如有發現人員身體狀況不佳，立即禁止並進行人員更換。作業期間皆遵守「異常氣壓危害預防標準」相關規範，使用氦氧混和氣體供應，嚴格遵守減壓表，使用潛水鐘等設備進行潛水深度停留，水面上使用減壓艙進行減壓作業，保障潛水人員生命安全，確保水下作業可安全、如期完成。