臺南高雄逐年產業蓬勃發展，用水需求成長快速，受限南部豐枯降雨差異大，加上近年極端氣候影響，枯水期降雨常不如預期，相較臺灣其他區域，南部區域整體缺水風險較高。且高雄地區近7成之供水來自高屏溪攔河堰，惟豐枯水期水量變化懸殊，無大型蓄水設施則不具蓄豐濟枯功能，若遭遇濁度太高超過淨水場處理能力或水質污染等緊急事件則無法供水，需仰賴南化高屏聯通管輸送每日最大約50萬噸原水備援高雄，由南高清水幹管支援約每日最大20萬噸清水及其他調度管理措施，以維供水穩定，由此可見，南化水庫除負擔臺南地區約60%公共用水，尚需支援高雄，供水負擔相當沉重。爰為穩定供水須進一步完備彈性的水源調度與管理機制，以降低南部地區缺水風險。
南區水資源分署配合水利署正在推動的水資源珍珠串計畫，在南部地區打造曾文南化聯通管工程，工程完成後，能夠備援每天最高達80萬立方公尺水量，讓曾文、烏山頭及南化水庫的水資源聯合運用，結合原有的南化高屏聯通管更可以串聯至高屏溪攔河堰。在枯水期的時候，曾文水庫的水也可以往南輸送到南化水庫甚至供水到高雄(113年5月19日至5月22日，已輸送水量52.2萬立方公尺)；豐水期的時候，南化水庫的水可以北送到烏山頭水庫蓄存(113年6月26日至11月27日，已輸送水量717.6萬立方公尺)，有效透過曾文南化聯通管工程串聯起南部供水系統，達到臺南及高雄供水系統整體聯合調度目標，為南部供水系統帶來雙向的備援效益。