為加強推動地下水管制，防止地層下陷，經濟部已督導前台灣省政府、台北市政府及高雄市政府依水利法第四十七條之一規定，訂定其適用之地下管制辦法，並配合台灣省政府功能業務與組織調整，已依法制作業程序將台灣省地下水管制辦法改訂為中央法規，爰此，台灣地區之地下水管制均已具備其依法訂定之管制辦法，各地方政府均可依法管理地下水使用，並取締及懲處不法行為。另配合公地放領政策，推動「地下水管制區內公地放領查註作業」，並藉以鼓勵承租人自行封填違法水井，減少地下水之超量抽用，對地層下陷之防治，已有成效。
至於彰化、雲林及嘉義等三縣於九二一大地震後沿海發生地層下陷情事，經經濟部水資源局彙集成功大學衛星資訊中心、經濟部中央地質調查所及工業技術研究院能源與資源研究所有關九二一大地震後彰化至嘉義沿海地區之地層下陷資料分析，審慎評估是否因地震加劇下陷現象。該局並協調經濟部水利處儘速辦理彰化、雲林及嘉義等地區之地面高程水準網點檢測，增密該等地區地層下陷監測井之觀測頻率，並蒐集研析相關資料及其他單位之各種量測數據，以作為加強該地區九二一大地震後地層下陷監測、防治及禦潮排水設施改善之依據。