經濟部為加強河川砂石採取改進措施，推動河川砂石採取整體管理改善（聯管）計畫，目前計有高屏溪、大安溪、花蓮溪、濁水溪上游段、大甲溪、烏溪及曾文溪等七條河川，共九段河段，均參照濁水溪計畫之優點，推動執行中，規劃砂石量超過一億五千萬立方公尺，使砂石資源得以有效合理開採利用，其中高屏溪、大安溪、花蓮溪、濁水溪上游段、大甲溪、烏溪等六條中央管河川七段河段，業依聯管計畫正式執行疏濬採取砂石作業。另為遏止盜濫採砂石等違法情事，經濟部積極落實行政院核定之「加強河川管理方案」、「杜絕河川砂石盜（濫）採行為改進方案」，督導各縣市政府及經濟部水利處所屬各河川局會同地方警力加強取締，於八十七年七月至八十八年六月底止共取締盜（濫）採砂石計一七二件。
為加強管理台灣地區地下水之使用，以遏止地下水超量抽用導致地層下陷，經濟部已督導前台灣省政府、台北市政府及高雄市政府依法訂定其適用之地下水管制辦法，並配合台灣省政府功能業務與組織調整，已依法制作業程序將「台灣省地下水管制辦法」改訂為中央法規，各地方政府均可依法管理地下水使用情形，並取締及懲處不法行為。另經濟部水資源局正積極依本院核定經濟部及行政院農業委員會會銜提報「地層下陷防治執行方案」之「加強地下水管制及水資源規劃」防治對策，督導各地方政府加強管制地下水之超量抽用，已初具成效，使台灣地區之地下水抽用量由該方案實施前之七十一．四億立方公尺逐年降至目前之五十七．二六億立方公尺。