政府對於台灣沿海地區地層下陷問題向極重視，本院於民國八十四年十一月二日核定實施之「地層下陷防治執行方案」即以解決包括嘉義等七縣市之地層下陷問題。該方案包括「通盤規劃地層下陷區土地利用」、「加強地層下陷區產業輔導」、「加強地下水管制及水資源規劃」及「教育宣導」等四大防治對策，以全方位方式防治地層下陷，並由經濟部及本院農業策員會負責推動，以解決目前諸多水土資源惡化現象及紓纋地層下陷問題。
另該方案防治對策貳「加強地層下陷區產業輔導工作」，其主要目的在於補助或輔導地層下陷地區之產業發展（如調整漁業產業結構、設置養殖漁業生產區、提高養殖漁業用水效率），及工業節約用水之推動（如提高工廠用水效率、規劃工業專用供水系統），使地層下陷地區之產業結構藉以轉型成為低淡水依賴度之產業型態，並鼓勵使用循環用水及提高用水效率，以降低產業對地下水之抽取。此外，經濟部為減少養殖漁業對地下水之超量抽用，避免地層之持續下陷，並提高養殖漁業用水效率，已積極辦理「開發循環水養殖管理技術」之研發工作，所得成果將提供相關單位及業者參考與應用。
經濟部水資源局為解決台灣西南沿海地區，因超抽地下水造成地層下陷，導致該等地區遇雨則淹之災害，自八十五年度執行「地層下陷防治執行方案」以來，即採「標本兼治」原則，以澈底防治地層下陷，並解決淹水問題。在治標方面，係針對地層下陷地區之排系統，重新作整體性規劃，並對立即可能發生災害之排水設施緊急優先改善，防止淹水以改善人民生活環境，該局並補助嘉義縣等地層下陷地區辦理各項排水系統重新整體規劃及緊急優先排水改善工程。在治本方面，則積極推動「地層下陷防治執行方案」所訂之四大因應對策，以全方位方式防治嘉義縣等地區之地層下陷問題。