前內政部長李鴻源於網路媒體質疑政府於丹娜絲颱風侵襲臺灣後，「勘災淪為儀式，水利與專業官員全失蹤」、「水門失守、排水系統未運作」、「完全看不到任何預警、決策、現場回應的科學依據與體系支持」、「8800億前瞻建設，錢去哪了無人問」，並非事實。丹娜絲颱風肆虐南臺灣，7月6日深夜從嘉義登陸，創下120年來首度的颱風紀錄，中央災害應變中心提前自7月5日上午開設，由各部會進駐24小時不間斷運作，迄今仍持續開設，全力出動救援、復建、勘災。賴總統7月8日、11日二度南下臺南，勘查當地農業災損及水電復原情形，指示提出「丹娜絲颱風災害救（協）助事項」專案，協助受災地區復原重建，負責水電及水災業務的經濟部部長郭智輝均在現場陪同。同時，行政院院長卓榮泰亦於7月11日赴彰化鹿港，聽取水利署署長林元鵬說明淹水災情及後續因應作法，卓院長當場指示透過系統性治水計畫，從源頭改善問題，達到「最小淹水面積、最快退水時間、最高安全標準」目標。
經濟部表示，李前部長所述情形非屬事實，前瞻建設經費運用經得起考驗，治水成效也已在歷次極端氣候中發揮效果，中央成立災害應變中心24小時運作因應風災，面對極端降雨水患威脅，更應不分彼此努力合作度過考驗。